Международный Институт Центральноазиатских исследований (институт ЮНЕСКО категории-2) был учрежден в 1995 году в Самарканде (Узбекистан) в результате работы крупномасштабного проекта ЮНЕСКО по Шелковому пути. Идея создания института возникла во время работы международной научной экспедиции по степному маршруту Центральной Азии, организованной в рамках проекта “Комплексное Изучение Шелкового Пути - Пути Диалога” - главного проекта десятилетия по культурному развитию (1987-1997).
Вслед за официальным учреждением МИЦАИ 5 июля 1995 г. Генеральный директор ЮНЕСКО г-н Федерико Майор во время официального визита в Узбекистан торжественно открыл институт 27 августа 1995 года в Самарканде.
Основная цель МИЦАИ – привлечь внимание мирового сообщества к решению проблем историко-культурного развития Центральной Азии и укрепить сотрудничество местных ученых и их коллег за рубежом посредством многодисциплинарного изучения региона.
В настоящее время полноправными государствами-членами МИЦАИ, принявшими Соглашение о создании института, являются Азербайджан, Иран, Казахстан, Китай, Корея, Кыргызстан, Пакистан, Таджикистан, Турция и Узбекистан.
Институты (общественные и частные институты или негосударственные организации в сфере науки и культуры) связаны с МИЦАИ через систему Ассоциированных членов, а ученые в индивидуальном порядке - посредством избрания в члены-корреспонденты.
Высшими органами МИЦАИ являются Генеральная ассамблея и Научный Совет. Институт имеет свой Секретариат.
Первым директором МИЦАИ был проф. Ашраф Ахмедов (1995-2001 гг.) – представитель Узбекистана. Вторым директором МИЦАИ была д-р Кадича Ташбаева из Кыргызстана. На 6-й Сессии Генеральной ассамблеи института, проходившей в Ташкентском Офисе ЮНЕСКО в декабре 2007 г., д-р Шаин Мустафаев (Азербайджан) был избран директором МИЦАИ.